В клиническую ординатуру по специальности «Психотерапия» могут быть зачислены врачи, получившие высшее медицинское образование по специальности «Лечебное дело» и «Педиатрия».
Клинический ординатор проходит двухгодичное обучение по специальности на базе профильных научно-клинических подразделениях Центра.

После зачисления клинический ординатор заполняет индивидуальный план. В индивидуальном плане, утверждаемом врачом-куратором, указываются сроки обучения на лекционных циклах. Во время первого года обучения клинический ординатор практикуется на базовом клиническом подразделении, на втором году обучения ординатор работает на других профильных отделениях Центра.

Клинические ординаторы распределяются на профильное отделение и закрепляются за врачом-куратором, организующим обучение практическим навыкам, обеспечивая работу с пациентами. На клинических ординаторов полностью распространяются правила внутреннего трудового распорядка Центра. Во время прохождения практической части программы клинические ординаторы подчиняются руководителю клинического отделения. Клинические ординаторы несут дежурства по Центру по своей специальности (при наличии стажа работы – на всем периоде обучения; при отсутствии стажа – на втором году обучения).

В конце каждого года обучения в клинической ординатуре проводится аттестация клинического ординатора по всем аспектам подготовки.
Во время обучения на лекционных циклах клинические ординаторы обязаны присутствовать на лекциях, выполнять все предписанные практические задания и сдавать зачеты по теоретической и практической подготовке после каждого цикла. Клинический ординатор может посещать элективы — дополнительные учебные тематические циклы по специальности, объемом не более 72 академических часов. Клинические ординаторы имеют право участвовать в научных разработках Центра и иметь публикации в научных изданиях.

Во время проведения конгрессов и конференций в Центра, в обязанность клинических ординаторов входит участие и помощь в организации мероприятий под руководством заведующего отделом ординатуры.

В случае отсутствия академических задолженностей по теоретическим и практическим зачетам, клинические ординаторы допускаются к сдаче итогового аттестационного экзамена и получают диплом об окончании ординатуры.